Message d'erreur CCA (AFCVI)

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Message d'erreur CCA (AFCVI)  Empty Message d'erreur CCA (AFCVI)

Message par ompko le Jeu 2 Juil 2015 - 14:27

Bonjour,

J'aimerais comparer 2 tableaux. Un d'eux étant un sites x espèces et l'autre sites x facteurs environnementaux. Selon le script que j'utilise, après le chargement du package ade4 je dois utiliser cette formule:
Code:

cca1=cca(faune[1:15,],milieu[,1:9],scannf=F,nf=6)

Cependant, j'ai ce message qui surgit à chaque fois:

Code:
Erreur dans matrix(unlist(value, recursive = FALSE, use.names = FALSE), nrow = nr,  :
  'data' doit être de type vecteur, il était 'NULL'

Je ne le comprends pas et je ne sais pas où chercher,

J'espère que quelqu'un puisse m'aider.

Merci
Fichiers joints
Message d'erreur CCA (AFCVI)  Attachment
FACTEURS_MARES_RNNDB.txt Facteurs EnvironnementauxVous n'avez pas la permission de télécharger les fichiers joints.(1 Ko) Téléchargé 0 fois
Message d'erreur CCA (AFCVI)  Attachment
DONNEES_C2_3.txt EspècesVous n'avez pas la permission de télécharger les fichiers joints.(4 Ko) Téléchargé 0 fois


Dernière édition par A.D. le Jeu 2 Juil 2015 - 15:57, édité 1 fois (Raison : ajout des "balises code")

ompko

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Message par ompko le Jeu 2 Juil 2015 - 14:28

Le script est le suivant:

Code:
faune=read.table("Esp_mares.csv",header=T,sep=";",dec=",",row.names=1)
milieu=read.table("Fact_env.csv",header=T,sep=";",dec=",",row.names=1)

library("ade4")

cca1=cca(faune[1:12,],milieu[,1:6],scannf=F,nf=6)
plot(cca1)

# analysis with c1 - as - li -ls
# projections of inertia axes on PCAIV axes
s.corcircle(cca1$as)

# Species positions
s.label(cca1$c1, 2, 1, clab = 0.5, xlim = c(-4,4))
# Sites positions at the weighted mean of present species
s.label(cca1$ls, 2, 1, clab = 0, cpoi = 1, add.p = TRUE)

# Prediction of the positions by regression on environmental variables
s.match(cca1$ls, cca1$li, 2, 1, clab = 0.5)

# analysis with fa - l1 - co -cor
# canonical weights giving unit variance combinations
s.arrow(cca1$fa)

# sites position by environmental variables combinations
# position of species by averaging
s.label(cca1$l1, 2, 1, clab = 0, cpoi = 1.5)
s.label(cca1$co, 2, 1, add.plot = TRUE)

s.distri(cca1$l1, faune[1:12,], 2, 1, cell = 0, csta = 0.33)
s.label(cca1$co, 2, 1, clab = 0.75, add.plot = TRUE)

# coherence between weights and correlations
par(mfrow = c(1,2))
s.corcircle(cca1$cor, 2, 1)
s.arrow(cca1$fa, 2, 1)
par(mfrow = c(1,1))


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Message par ompko le Jeu 2 Juil 2015 - 14:45

PS: je viens de faire >print(faune) et il me dis qu'il y a 0 colonnes.

ompko

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