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Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?

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Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?

Message par Lilileb le Mar 15 Juil 2014 - 15:01

Bonjour à tous et merci d'avance pour votre aide,
J'espère ne pas avoir fait de sujet "doublon", mais je n'ai rien trouvé de semblable sur le forum.

Je mène une étude sur la bioacoustique des amphibiens. Je veux construire un modèle type GLM mixte pour répondre à la question suivante : Quelles sont les variables environnementales et météorologiques influençant l'activité de chant des amphibiens ?

J'ai un jeu de données avec 2500 enregistrements de sons, avec, pour chaque enregistrement :
- une donnée de présence-absence de l'espèce concernée ("HYLMER") --> variable réponse
- des variables environnement/météo associées (température, humidité, vent...) --> variables explicatives fixes (que j'ai rassemblées dans une ACP : "acp1$li[,1:2]")
- la date, l'heure ("Sunset"), et le site d'étude --> variables explicatives aléatoires.

J'ai donc construit un modèle en utilisant le package nlme :
mod1=lme(fixed=HYLMER~acp1$li[,1:2], random=~1|sunset,random=~1|date,random=~1|site, data = Hylmer)

Or, R me sort :
Erreur dans lme(fixed = HYLMER ~ acp1$li[, 1:2], random = ~1 | sunset, random = ~1 |  :
 argument formel "random" correspondant à plusieurs arguments fournis

Est-ce que vous savez à quoi c'est du ? Ca à l'air d'être à cause du fait que j'ai plusieurs random dans mon modèle, mais je ne sais pas quelle est la formulation exacte pour une telle situation... Je n'ai pas trouvé de réponse dans l'aide de R...

Merci d'avance pour vos réponses,

Elise

Lilileb

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Re: Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?

Message par FMarwen le Lun 21 Juil 2014 - 13:07

Bonjour,

Je vous conseille de télécharger package "lme4" et utiliser la fonction "lmer" que répond à votre question:
Code:
mod1=lmer(HYLMER~acp1$li[,1:2]+(1|sunset)+(0+1|date)+(0+1|site), data = Hylmer)

Remarque: il faut que les deux variables "HYLMER" et "acp1$i[,1:2] existent dans le tableau Hymler.

FMarwen

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