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Message par CeliaRichard le Dim 18 Mai 2014 - 10:32

Bonjour, je suis une nouvel utilisatrice de R, donc je vous demande d'être un peu indulgent si mes questions vous semble stupide.
j'aimerai comparer deux moyennes de données appariés. il me semble que le test de wilcoxon est le plus approprié. Mais je n'arrive pas à organiser mes données correctement pour le réaliser.
Les premiers données que j'importe dans R sont celle ci.
summary(cpt)
jour rocco zora happy dingo deegle
Min. : 1 a :123 a :159 a :160 a :155 a :145
1st Qu.: 7 cs: 39 cs: 67 cs:126 cs:134 cs: 84
Median :13 e :666 e :632 e :555 e :572 e :586
Mean :13 j :124 j :172 j :197 j :189 j :204
3rd Qu.:19 r :947 r :811 r :834 r :837 r :878
Max. :25 t :101 t :159 t :128 t :113 t :103
La première colonne est jour ce sont des valeurs numérique de 1 à 25.
Les autres ont des valeurs sous forme de caractères.
J'aimerai montrer que lorsque jour=1 et rocco=a, c'est différent que lorsque jour =25 et rocco=a.
Je rentre cette formule
> wilcox.test(cpt$jour==1,cpt$rocco=="a" ~cpt$jour==25,cpt$rocco=="a")
et il me mets ce message d'erreur.
Erreur dans match.arg(alternative) :
'arg' must be NULL or a character vector
Puisque mes valeurs ne sont pas toutes numériques, j'ai tester d'importer un tableau de valeur réalisé dans excel, qui correspond au pourcentage des caractères, pour info ce sont les comportements "a","cs","e","j","r","t", et rocco zora dingo deegle et happy sont les individus.
summary(comp)
comportement rocco zora happy dingo deegle rocco1
a :1 0 :1 0 :1 0 :1 0 :1 0 :1 0 :1
cs:1 1,25 :2 1,25:1 1,25 :1 1,25 :2 1,25 :2 1,25:1
e :1 13,75:1 10 :1 11,25:1 11,25:1 12,5 :1 2,5 :1
j :1 3,75 :1 12,5:1 5 :2 77,5 :1 3,75 :1 25 :1
r :1 80 :1 3,75:1 77,5 :1 8,75 :1 81,25:1 3,75:1
t :1 72,5:1 67,5:1
zora1 happy1 dingo1 deegle1 rocco2 zora2 happy2 dingo2
1,25 :1 0 :1 1,25 :2 1,25 :2 0 :2 0 :2 0 :2 0 :3
2,5 :2 1,25 :1 21,25:1 2,5 :1 1,25:1 2,5 :1 1,25 :1 13,75:1
25 :1 2,5 :1 3,75 :1 21,25:1 5 :1 20 :1 11,25:1 6,25 :1
61,25:1 23,75:1 65 :1 65 :1 8,75:1 5 :1 78,75:1 80 :1
7,5 :1 63,75:1 7,5 :1 8,75 :1 85 :1 72,5:1 8,75 :1
....
J'ai importé ces données la dans R.
J'ai écris cette formule,
wilcox.test(comp$comportement=="a",comp$rocco ~ comp$comportement=="a",comp$rocco24), distribution = exact())
Mais il y a toujours une erreur le message est celui ci:

Erreur : ',' inattendu(e) in "wilcox.test(comp$comportement=="a",comp$rocco ~ comp$comportement=="a",comp$rocco24),"

Ma question est ou est mon erreur, comment dois-je organiser mes données pour réaliser correctement ce test? Merci d'avance.


CeliaRichard

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Message par CeliaRichard le Dim 18 Mai 2014 - 14:15

J'ai réalisé le test avec d'autre données sous forme de pourcentage comme dans le deuxième.
j'ai mis ces commandes dans R:
attach(cpt1)
aro<-cpt1[comportement=="a",c(2:126)]
rocco représentant le premier jour de donnée avec cet individu
rocco24 le 25 ème jour de donnée avec cet individu

wilcox.test(aro$rocco~aro$rocco24,distribution=exact())
le message d'erreur est
Erreur dans wilcox.test.formula(aro$rocco ~ aro$rocco24, distribution = exact()) :
le facteur de regroupement doit avoir exactement 2 niveaux
Je ne comprends vraiment pas mon erreur. Si vous pouviez m'expliquer ce qui ne va pas. merci

CeliaRichard

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Message par droopy le Lun 19 Mai 2014 - 8:02

Bonjour,

regarde les exemples qui sont donnés dans wilcox.test. Tu as deux possibilités pour ce test, soit tu lui donnes les deux vecteurs de données à comparer, soit tu mets une formule du genre y ~ x ou y est le vecteur avec toutes tes données et x un facteur qui dit si les valeurs de y appartiennent au premier ou au deuxième groupe :
Code:
# avec des vecteurs :
x <- rnorm(10)
y <- rnorm(10)
wilcox.test(x, y)
# avec une formule :
z <- c(x, y)
v <- factor(rep(c("a", "b"), each=10))
wilcox.test(z~v)
cdlt
droopy
droopy

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Message par CeliaRichard le Lun 19 Mai 2014 - 8:23

Je vous remerci pour votre aide.
j'ai donc rentré ceci dans R:
jour1j<-rnorm(fichier.csv$jour==1,fichier.csv$rocco=="j")
jour25j<-rnorm(fichier.csv$jour==25,fichier.csv$rocco=="j")
wilcox.test(jour1j,jour25j)

mon résultats est celui ci.
Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data: jour1j and jour25j
W = 1990502, p-value = 0.7948
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Ca vous semble correct ce que j'ai fait?

CeliaRichard

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Message par CeliaRichard le Lun 19 Mai 2014 - 8:46

Ce que j'ai fait au dessus me semble complètement habérant ... j'ai testé autrement en utilisant les valeurs correspondant au pourcentage dans excel ...
Code:
cpt1<-read.csv(file.choose())
summary(cpt1)
cpt1$comportement=="a"
roc<-cpt1$rocco~cpt1$rocco24
a<-factor(cpt1$comportement=="a")
wilcox.test(roc~a)
mais cela me mets Erreur dans model.frame.default(formula = roc ~ a) :
l'objet n'est pas une matrice.
Je suis un peu perdue ...

CeliaRichard

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Message par Wla-piti2 le Lun 19 Mai 2014 - 10:46

Pour comprendre ce que tu fais au fur et à mesure, regarde ce qui se passe dans les objets que tu créées ou remplis.
Si tu tapes simplement "a", tu vas te rendre compte que ton objet "a" ne contient pas ce que tu veux.

Pourquoi le résultat te semble-t-il abbérant? Il n'est juste pas significatif, cela peut résulter du fait que les moyennes sont les mêmes où que ton échantillon n'est pas assez grand...

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Message par Wla-piti2 le Lun 19 Mai 2014 - 10:46

Et tu parlais de données appariées, mais tu n'a pas mis "paired=T" dans ton test de wilcoxon.

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Message par CeliaRichard le Lun 19 Mai 2014 - 11:06

je veux comparer seulement 2 valeurs en fait, donc je ne pense pas que je puisse utiliser un test, car en effet l’échantillon est faible. je veux comparer le nombre de a présent le 1er jour, de 3 et le nombre de a présent le dernier jour de 8. donc j'ai abandonner j'ai utiliser ce test pour comparer les deux jours mais avec tous les comportements, cela ma données un résultats non significatif mais puisque tous les comportements n'évoluent pas c'est normal. Je pense utiliser seulement un graphe pour comparer mes deux valeurs ... je ne vois pas comment montrer son evolution sinon ...
et oui ce sont donc des données appariés donc je vais ajouter cela merci beaucoup.

CeliaRichard

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Message par CeliaRichard le Lun 19 Mai 2014 - 13:16

C'est peut être un problème dans le choix du test directement alors ...
j'aimerai comparer deux valeurs d'un même individu lorsqu'il fait le meme comportement mais dans deux jours différents, et j'utilise donc des pourcentages, quel test serait plus adapté?

CeliaRichard

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