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Message par loua11 le Mar 18 Mar 2014 - 17:03

Bonjour à tous, je suis nouvelle ici. Etudiante en M1 Biologie des populations, j'ai eu l'occasion d'utiliser R mais je dois avouer que je suis encore une débutante et ai du mal à réaliser des graphiques qui paraissent simples. Pour un compte rendu en écotoxicologie j'aurais besoin d'aide pour savoir comment réaliser ce type de graphique (cf photo). Mes données ressemblent à ça:
mg/L immobilisation
0,5 100
0,5 100
0,7 100
0,7 100
1 100
1 100
1,5 100
1,5 100
2 0
2 100
2,5 0
2,5 20
3 0
Je veux juste obtenir une seule courbe car ici un seul produit est testé, et je voudrais aussi qu'apparaisse l'écart type pour les valeurs similaires en abscisse. Car quand je le fais sur R, il me met 2 valeurs par x alors qu'il me faudrait la moyenne et l'écart type de ces 2 valeurs... (ex pour x=2, il me faudrait la moyenne des deux valeurs cad 50 + l'écart type)
Je ne veux pas que vous me donniez toutes les réponses, sauf si c'est vraiment trop compliqué mais là je suis un peu désespérée... Ah oui j'utilise aussi Rcmdr je sais pas si c'est une bonne idée
Merci d'avance,
Loua11
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Message par Ayana le Mar 18 Mar 2014 - 18:56

On ne fait pas car c'est moche et illisible :-)
Non, plus sérieusement, ça n'a pas de sens de représenter la moyenne et l'écart type de deux valeurs!

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Message par loua11 le Mar 18 Mar 2014 - 19:29


Je sais bien que ça n'a pas de sens mais c'était lors d'un tp nous n'avons pas pu faire plus de réplicas...

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Message par Nik le Mar 18 Mar 2014 - 19:53

tu as par exemple la librairie Hmisc qui propose un e fonction pour faire ça :
Code:

require(Hmisc)
x <- 1:10
y <- x + rnorm(10)
eps <- runif(10)
errbar( x, y, y + eps, y - eps ,type="b")

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Message par loua11 le Mar 18 Mar 2014 - 20:52

Merci je vais essayer!

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Message par droopy le Mar 18 Mar 2014 - 21:14

Bonsoir,

tu peux aussi faire ça avec les librairies plyr et ggplot2 (exemple pris ici http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=6461&sid=ea6480aeed5cbcc577a32ff016066a7b) :
Code:
tab <- structure(list(mg.L = c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 1, 1, 1.5, 1.5, 2,
2, 2.5, 2.5, 3), immobilisation = c(100L, 100L, 100L, 100L, 100L,
100L, 100L, 100L, 0L, 100L, 0L, 20L, 0L)), .Names = c("mg.L",
"immobilisation"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -13L
))

library(plyr)
res <- ddply(tab, .(mg.L), summarise, moyenne=mean(immobilisation), sds=sd(immobilisation))
library(ggplot2)
p <- ggplot(res, aes(x=mg.L, y=moyenne))
p+geom_point()+geom_line()+geom_errorbar(aes(ymin=moyenne-sds, ymax=moyenne+sds))
Cdlt
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