Les posteurs les plus actifs de la semaine
joyeux_lapin13
 
zeu
 
gg
 
schlebe
 
zezima
 
Yacouba_KONE
 
rayanes159
 
noviceST
 
Eric Wajnberg
 
Nik
 


Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Aller en bas

Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Message par Juju87 le Ven 7 Mar 2014 - 15:25

Bonjour à tous,

Je ne suis pas une spécialiste des statistiques, aussi ma question va peut-être vous sembler élémentaire.
J'ai un grand jeu de données avec deux variétés de plantes qui sont très différentes en terme de croissance, nous les avons semés au même moment et nous leur avons fait subir le même stress afin de comparer leur réponse.
Quand j'analyse mes données avec une anova ou un Kruskal-Wallis selon la normalité des données, toutes mes différences statistiques sont des différences entre variété, hors quand je trace les graphiques de mes données, je vois bien qu'il y a une différence due au traitement stress pour chaque variété mais elle ne ressort pas statistiquement... Quand j'analyse mes variétés séparément, mon effet traitement ressort.
Est-ce que c'est faux d'analyser mes variétés séparément (je veux dire créer un fichier d'analyse par variété) pour faire ressortir les différences de traitement et de comparer les réponses des variétés après ?
Est-ce qu'il n'y aurait pas un autre test statistique plus adapté ou une normalisation de données qui pourraient aider à lisser l'effet variétal ?

Je vous remercie pour vos réponses.

Juju87

Nombre de messages : 2
Date d'inscription : 07/03/2014

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Message par Ayana le Ven 7 Mar 2014 - 18:36

Bonjour,

Si je comprends bien le problème tu as 2 variétés, et au sein de chaque variété tu testes deux traitements?
Si c'est bien ça, une ANOVA pour plan mixte te permettra d'étudier l'effet du traitement tout en prenant en compte la corrélation intra-variété.

Ayana

Ayana

Nombre de messages : 388
Date d'inscription : 18/08/2009

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Message par Juju87 le Lun 10 Mar 2014 - 14:17

Bonjour Ayana,

Une Anova pour plan mixte correspond à une anova 2 facteurs, c'est bien ça ? Cependant mes données ne suivent pas une loi normale, je ne peux donc pas appliquer ce test. J'ai essayé de faire des analyses Kruskal-Wallis multiples avec le package R.coin pour Rcommander. Mais j'ai l'impression que ce test est trop exclusif car je perds toutes différences de traitement et n'obtiens que des différences entre variétés en ayant les 2 variétés dans le même fichier d'analyse. Auriez-vous connaissance d'un autre test pour données non paramétriques proche de l'anova plan mixte ?

Merci pour votre réponse,

Juju87

Juju87

Nombre de messages : 2
Date d'inscription : 07/03/2014

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Message par c@ssoulet le Lun 10 Mar 2014 - 16:00

Il n'y a rien de juste ni rien de faux, juste des interprétations différentes.

Si tu analyses chaque variété séparément, tu pourras dire pour chacune d'elles si le traitement a un effet significatif ou pas, c'est tout. Tu ne pourras pas comparer statistiquement l'efficacité de ton traitement entre les 2 variétés.

Pour ce dernier point, tu dois faire une ANOVA. Mais pour bien faire l'analyse et l'interpréter correctement, il va faloir s'y plonger sérieusement.

- pour les ANOVA, les assomptions ne sont pas aussi basiques que la simple normalité des données. Mathématiquement, une ANOVA peut être assimilée à de la régression linéaire multiple, et les assomptions sont les mêmes: normalité des résidus (et pas des données...), homoscédasticité (répartition « homogène » de la variance) et non prédictibilité des résidus. Ces hypothèses sont difficiles à vérifier, et une certaine tolérance est très souvent appliquée en raison de la "robustesse" des calculs. Donc c'est pas facilement accessible au neophyte, et il faut avouer qu'on fait souvent ce genre d'analyse sans vraiment vérifier les assomptions si aucun déséquilibre évident ne saute aux yeux et si l'effectif est suffisant.

- l'effectif, justement, est important dans ton interprétation: si tu vois graphiquement quelque chose de caricaturalement différent mais qui ne ressort pas significativement, l'explication est souvent à rechercher du côté du couple infernal : faible effectif + grosse variabilité.
Dans ce cas, il faut savoir aller au delà du test et argumenter en fonction des conditions expérimentales. La conclusion ne pourra pas être "il existe une différence" mais plutôt "on observe une tendance qui devra être confirmée"

c@ssoulet

Nombre de messages : 646
Date d'inscription : 05/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Effet variétal et traitement: quand l'un écrase l'autre

Message par Contenu sponsorisé Aujourd'hui à 11:34


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Revenir en haut

- Sujets similaires

 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum