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Comparer la richesse spécifique de plusieurs sites ?

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Comparer la richesse spécifique de plusieurs sites ?

Message par petrucci51 le Mer 11 Sep 2013 - 8:30

Bonjour à tous,

Je fais face à un problème concernant l'analyse de mes résultats sur l'étude des papillons sur plusieurs sites.
J'ai pour chaque site (18) fait 2 passages à 1 mois d'intervalle. J'ai rangé mes données en faisant la somme des effectifs des 2 passages. J'ai pu calculer des indices de biodiversité comme Shannon (H) et l' Equitabilité (E), mais j'aimerais pouvoir faire des tests stats montrant la significativité (ou non) de différence de biodiversité entre les sites.
J'ai dans mes recherches pu découvrir qu'il était possible de faire un t-test des différents H sous excel, ce en calculant la variance de chaque sites, mais c'est très laborieux...
Serait-il donc possible de réaliser ce genre de test sur l'indice H dans R pour tous mes sites, faire en sorte de ne pas avoir à faire 2 par 2 (site1, site2 ; site1, site3 ; ...) ?
J'ai également découvert que des test de Mantel et ANOSIM sont des outils permettant de comparer la composition de 2 ou plusieurs groupes, ce qui pourrait me convenir. Cependant je n'ai pas abordé ces tests lors de mes cours de stats à l'université... J'ai donc cherché des exemples/explications sur internet, mais rien de bien explicite.
Mon tableau se présente ainsi :
       Site1     Site2    Site3 ....
Esp1    2            3         0
Esp2    1            0         0
Esp3    4            5         3
.....

Pour calculer mes indices de Shannon il est ainsi :
Espèce        Effectif        Site
a                   1               1
b                   2               1
c                   3               1
g                   2               2
a                   4               2
....                ....           ....


J'espère que vous pourrez m'aider.
Cordialement,

Laurent

petrucci51

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Re: Comparer la richesse spécifique de plusieurs sites ?

Message par petrucci51 le Jeu 19 Sep 2013 - 9:22

Bon pas de réponses, mais je lance une nouvelle question, peut-être celle-là aura-t-elle plus de succès.
Toujours dans l'optique de comparer la composition en espèce de mes sites, j'ai essayé de réaliser un test de kruskal.wallis. Le résultat n'est pas significatif, ce qui m'étonne un peu. Du coup j'aurais voulu savoir si c'est la mise en forme de mon tableau qui ne va pas ?
Voici son allure :

Nom_espece         Site
a                        1
b                        1
c                        1
d                        1
a                        2
c                        2
g                        2
h                        2
b                        3
c                        3
d                        3
...                       ...

Merci pour votre aide


EDIT :
Il semblerait que pour réaliser un kruskal.test, il faille que x soit quantitatif et non qualitatif. Comment réaliser alors cette comparaison de composition entre les sites ??? Je me base sur une publi' où ce test est utilisé pour le même objectif.

petrucci51

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Re: Comparer la richesse spécifique de plusieurs sites ?

Message par droopy le Ven 20 Sep 2013 - 8:55

pour le kruskal il te faut comparer les richesses spécifiques de chaque site, autrement dit les calculer aux préalable. Ensuite appliquer ce test n'aurait pas de sens parce que chaque site n'aurait qu'une seule valeur.
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droopy

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Re: Comparer la richesse spécifique de plusieurs sites ?

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