Label et cluster sur une CAH

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Message par Proxima le Mar 30 Juil 2013 - 13:37

Bonjour,

Je réalise acutellement une CAH et je rencontre 2 problèmes :

1 : J'aimerai placer mes identifiants en label, mais j'obtiens un message d'erreur.

hcwar <- hclust(dist(tab30CAH),"ward",lab=tab30CAH[,1])

Erreur dans hclust(dist(tab30CAH), "ward", lab = tab30CAH[, 1]) :
argument(s) inutilisé(s) (lab = tab30CAH[, 1])

2 : Je coupe le dendrogramme obtenu (sans les labels...) en 4 classes et je souhaite pouvoir associer chacune de mes mesures à une classe, c'est à dire "remonter" aux données afin de pouvoir comparer les groupes obtenus par la classification entre eux. Et là, je n'arrive pas du tout à trouver le script qui convient.

Ma base de données étant composée de données médicales, je ne peux pas vous la transmettre.

Si quelqu'un peut m'éclairer, merci d'avance du coup de main !

Proxima

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Message par HDKalit le Mar 30 Juil 2013 - 16:34

Bonsoir,

1/ il faudrait peut être mettre tes identifiants en row.names directement non?
2/ je n'ai pas très bien compris ton coup de remonter aux données Smile En gros en sortie normalement tu as chaque identifiant (ça correspond à quoi d'ailleurs?) avec la classe à laquelle il appartient non? E du coup je ne vois pas le problème.
3/ même si tu ne peux pas fournir les données (compréhensible) il est quand même agréable pour le lecteur de savoir de quoi on parle. Ici par exemple je ne vois pas ce qu'est un identifiant, ce que tu as fait avant, où tu veux en venir clairement, etc. Après je ne connais pas du tout le domaine médical mais beaucoup ici sont assez habitué donc expliquer au mieux ton problème peut te permettre "au pire" Wink ... d'avoir des nouvelles idées Smile

Bon courage,

Khalid

HDKalit

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Message par Proxima le Mer 31 Juil 2013 - 7:34

Bonjour HDKalit,

Merci pour cette réponse et tes conseils.

Un identifiant correspond à un individu sur lequel plusieurs mesures ont été faites. Et oui, row.names fonctionne très bien, merci ! D'ailleurs en l'utilisant j'obtiens en coupant mon dendrogramme comme je le souhaite, l'identifiant de chaque individu et le groupe auquel il appartient en sortie, c'est à dire tout ce que je n'obtenais pas hier...
C'était ça, l'idée mal formulée de remonter aux données : déterminer quel individu allait dans quel groupe afin de pouvoir comparer les mesures entre les groupes.

Merci pour ces points de clarrification, je serai plus clair la prochaine fois,
Bonne journée !

Proxima

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Message par HDKalit le Mer 31 Juil 2013 - 13:37

Proxima a écrit:Bonjour HDKalit,

Merci pour cette réponse et tes conseils.

Un identifiant correspond à un individu sur lequel plusieurs mesures ont été faites. Et oui, row.names fonctionne très bien, merci ! D'ailleurs en l'utilisant j'obtiens en coupant mon dendrogramme comme je le souhaite, l'identifiant de chaque individu et le groupe auquel il appartient en sortie, c'est à dire tout ce que je n'obtenais pas hier...
C'était ça, l'idée mal formulée de remonter aux données : déterminer quel individu allait dans quel groupe afin de pouvoir comparer les mesures entre les groupes.

Merci pour ces points de clarrification, je serai plus clair la prochaine fois,
Bonne journée !

Pas de problème,

C'est aussi à ça que sert un forum Smile

Bonne journée!

HDKalit

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