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kmeans choix des couleurs des groupes dans plot.PCA

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Message par HDKalit le Mar 9 Juil 2013 - 8:44

Bonjour tout le monde,

Je réalise une classification à l'aide de l'algo kmeans.
Lorsque je représente mes groupes kmeans sur le plan factoriel (par exemple) j'aimerai "forcer" la couleur des groupes dans un plot.PCA (package FactomineR) ou un plot.

En gros lors d'une présentation où je décris les groupes du style "cette classe est une classe dont la var. X a une moyenne plus élevée que dans la population" sur différentes populations.
J'aimerai juste garder une cohérence au niveau graphique.

Pour le moment j'utilise la fonction de cette façon (ma variable "classe" est la variable qualitative supplémentaire):

Code:

res.pca <- PCA(mydata,quanti.sup = c(5:8), quali.sup = c(14), graph = FALSE)
plot.PCA(res.pca, choix = "ind", shadow = TRUE,
            title = "",
            cex = 0.8, new.plot = FALSE, select = "contrib 50", habillage = 14, col.hab = mypalette)

Et malheureusement je n'arrive pas à lui dire en amont que telle classe doit être en rouge, l'autre en bleu, etc.

Si quelqu'un a une idée,

Khalid

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Message par droopy le Mar 9 Juil 2013 - 14:08

je pense que les couleurs sont attribuées en fonction de l'ordre des levels de ta variable suplémentaire. Il te suffit de créer ta palette de couleur en fonction de ceux-ci.
Cdlt
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Message par HDKalit le Mar 9 Juil 2013 - 14:14

Bonjour droopy,

C'est ce que j'ai pensé.
En gros vu que je fais tourné l'algo sur différents jeux de données, je vais ré-ordonner les levels en fonction de ce que je veux afficher ou alors refaire ma palette en fonction des levels (ça marche dans les 2 sens).

Merci Wink

Khalid

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