Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Aller en bas

Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par rom_03 le Mer 5 Juin 2013 - 19:56

Bonjour à tous et à toutes,

Tout d'abord je n'ai pas un très bon niveau en statistiques mais j'y travaille et je me tourne vers vous afin de progresser et de trouver des réponses à mes questions qui concernent à la fois les analyses intéressantes pour faire parler le jeu de données et le "cheminement" pour l'étude statistique.

Je suis étudiant en écologie et dans le cadre d'un stage je travaille sur une typologie d'habitats à partir de relevés phytosociologiques et leur mise en relation avec des pratiques de gestion.

Je dispose d'un tableau de relevés phytosociologiques, où les valeurs d'abondance-dominance ont ensuite été transformées en pourcentage de recouvrement moyen, qui devrait me permettre de réaliser une AFC pour m'aider à organiser le tableau de données (250 lignes et plus de 80 colonnes) et ainsi dresser une typologie. Cette analyse est-elle adaptée et demande-t-elle des pré-requis, notamment pour la normalité et l'homoscédasticité des données? Comment utiliser ces tests sur ces données?

Ensuite, je dispose d'un second tableau où se trouve chacun des sites prospectés en lignes (plus de 80, mais si cela ne suffit pas je peux travailler sur un autre jeu de données qui en compte plus de 200), et en colonnes des variables (environ 10) quantitatives continues (certaines des variables quantitatives sont réparties en classes d'effectifs équilibrés) et d'autres qualitatives. Ici, il convient de tester la normalité et l'homoscédasticité en faisant des sous-ensembles par type d'habitat mis en évidence grâce à la typologie? Je pensais faire une ACP afin d'étudier le cercle des corrélations et la distribution des relevés par type d'habitat en fonction des variables étudiées pour voir les variables qui peuvent être liées et m'appuyer sur l'utilisation du test de corrélation de Pearson ou de Spearman (???)... puis m'intéresser à certaines variables vis-à-vis des habitats mis en évidence avec des tests de Student ou de Wilcoxon (au fait, quelle est la différence pour l'utilisation de ces tests?)... Auriez-vous des suggestions?

Je précise aussi que je manque cruellement de temps... je dispose à peine d'une semaine, mais j'espère bien en tirer le maximum!

J'attends vos conseils avec impatience. D'avance, merci!

rom_03

Nombre de messages : 4
Date d'inscription : 05/06/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par rom_03 le Mer 5 Juin 2013 - 20:03

Je dispose d'une semaine pour fournir un premier rapport mais le stage se poursuit et finalement, je suis preneur de toutes suggestions... Merci!

rom_03

Nombre de messages : 4
Date d'inscription : 05/06/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par droopy le Jeu 6 Juin 2013 - 8:24

La première chose à faire est de se poser une question et d'ensuite voir comment y répondre. Des données c'est bien mais une question c'est mieux. En général on se pose d'abord une question et on essaie de récupérer des données pour y répondre et non l'inverse.

Ici tu cherches à établir une typologie d'habitat et pour ça tu as un tableau avec des taux de recouvrement. Une AFC n'est a priori pas fait pour ça. L'AFC est fait pour étudier une table de contingence autrement dit des données de comptage. Ce qui ne semble pas être ton cas ici. Je partirais sur une ACP centrée et non normée, qui est plus classique pour étudier des pourcentages. Ensuite à partir de cet ACP tu peux essayer de regrouper tes individus, via par exemple une classification ascendante hiérarchique basée sur les X 1ers axes de ton ACP. Tu obtiendras ainsi une classification qui vaudra ce qu'elle vaudra. Il te faut ensuite regarder la 'pertienence' de ces résultats obtenus.

La deuxième partie est beaucoup moins claire, tu nous parles d'un 2eme jeu de données avec des colonnes quali ou quantitatives, etc. Mais où est la question ? Que cherches-tu à faire ou à tester ? Qu'est-ce qu'il y a dans ce jeu de données et quel est son lien avec le précédent ?
Tu nous parles d'homoscédasticité, de normalité, mais en lien avec quoi ?

Tu gagneras beaucoup de temps à te poser et à réfléchir à ce que tu veux faire et définir une stratégie d'analyse, que de tester des trucs dans tous les sens qui au final ne t'apporteront rien.

droopy

Nombre de messages : 985
Date d'inscription : 04/09/2009

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par HDKalit le Jeu 6 Juin 2013 - 8:47

droopy a écrit:La première chose à faire est de se poser une question et d'ensuite voir comment y répondre. Des données c'est bien mais une question c'est mieux. En général on se pose d'abord une question et on essaie de récupérer des données pour y répondre et non l'inverse.

Ici tu cherches à établir une typologie d'habitat et pour ça tu as un tableau avec des taux de recouvrement. Une AFC n'est a priori pas fait pour ça. L'AFC est fait pour étudier une table de contingence autrement dit des données de comptage. Ce qui ne semble pas être ton cas ici. Je partirais sur une ACP centrée et non normée, qui est plus classique pour étudier des pourcentages. Ensuite à partir de cet ACP tu peux essayer de regrouper tes individus, via par exemple une classification ascendante hiérarchique basée sur les X 1ers axes de ton ACP. Tu obtiendras ainsi une classification qui vaudra ce qu'elle vaudra. Il te faut ensuite regarder la 'pertienence' de ces résultats obtenus.

La deuxième partie est beaucoup moins claire, tu nous parles d'un 2eme jeu de données avec des colonnes quali ou quantitatives, etc. Mais où est la question ? Que cherches-tu à faire ou à tester ? Qu'est-ce qu'il y a dans ce jeu de données et quel est son lien avec le précédent ?
Tu nous parles d'homoscédasticité, de normalité, mais en lien avec quoi ?

Tu gagneras beaucoup de temps à te poser et à réfléchir à ce que tu veux faire et définir une stratégie d'analyse, que de tester des trucs dans tous les sens qui au final ne t'apporteront rien.

@droopy: Juste une question ... faire une ACP non normée quand il y a des pourcentages ça vaut tout le temps? En gros si tu as des données en pourcentages et d'autres en mètres, en kg, etc. tu ne normalise pas le tout? Car sinon ça ne risque pas de "biaiser" un peu la visualisation du nuage de points (qui sera dépendante de l'unité de mesure si on ne normalise pas ... sinon ça se compte en écart type pour toutes les variables en normalisant)?

Sinon pour revenir au sujet, comme le dit droopy, il faut d'abord des questions et surtout ne pas penser qu'avec des "stats" la magie va opérer. Je n'ai moins non plus pas compris ta deuxième partie de texte ... je ne vois pas ce que tu veux?

Cdlt,

KhaliHD

HDKalit

Nombre de messages : 85
Date d'inscription : 10/01/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par droopy le Jeu 6 Juin 2013 - 8:49

ma réponse était valable que dans le cas effectivement ou la matrice ne contient que des pourcentages, sinon tu vas tomber sur des problèmes d'échelles que tu soulignes.

droopy

Nombre de messages : 985
Date d'inscription : 04/09/2009

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par HDKalit le Jeu 6 Juin 2013 - 9:36

droopy a écrit:ma réponse était valable que dans le cas effectivement ou la matrice ne contient que des pourcentages, sinon tu vas tomber sur des problèmes d'échelles que tu soulignes.
Merci droopy. J'avoue que du coup je ne savais plus si ce que je faisais était adapté ou pas lorsque je n'ai pas que des pourcentages ^^


HDKalit

Nombre de messages : 85
Date d'inscription : 10/01/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par rom_03 le Jeu 6 Juin 2013 - 23:19

Déjà, un grand merci pour vos conseils!

Concernant les problématiques, j'aurai dû vous les fournir directement... le but de l'étude est de dresser une typologie des habitats (quelles sont les associations végétales représentées sur les parcelles échantillonnées?), sur des milieux prairiaux et des surfaces en jachères, puis de la mettre en relation avec les pratiques de gestion afin d'engager une réflexion sur les relations existantes entre la diversité floristique observée et les types d'interventions et les pratiques de gestion en place...

En effet le tableau pour la 1ère analyse présente des recouvrements moyens dont la somme par colonne est au minimum de 100 mais peut dépasser 100 (c'est d'ailleurs le cas systématiquement). Et d'après la bibliographie disponible à ce sujet, l'analyse prévoit une AFC pour traiter ces données... Qu'en pensez-vous?

Pour le second jeu de données, il est toujours relatif aux mêmes parcelles, mais il croise les sites prospectés avec différentes variables relatives aux pratiques de gestion - édaphologie/géologie superficielle (qualitative), type de gestion (qualitative), destruction et/ou renouvellement (qualitative), type de pâturage (qualitative), charge de pâturage (quantitative continue répartie en classes), fertilisation (quantitative continue répartie en classes), semis (qualitative), export après fauche (qualitative), indice de Shannon/Ellenberg (quantitative continue), etc.. -... Du coup, si j'ai bien compris les conseils sur l'ACP, je ne peux pas l'utiliser pour ces données? Y a t-il une(des) analyse(s) plus adaptée(s)? Je renouvelle les mêmes questions, à propos des tests de Pearson, ou encore de Student et de Wilcoxon, que dans le 1er post sur cette partie?

Cordialement,

P.S. : ces parcelles sont soumises à des pratiques de gestion particulières et on veut voir si celles-ci sont efficaces et s'inscrivent bien dans une gestion durable...

rom_03

Nombre de messages : 4
Date d'inscription : 05/06/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par Nik le Ven 7 Juin 2013 - 5:32

Bonjour,

Effectivement en phytosocio il y a une longue tradition d'utilisation de l'AFC. Même si tes données semblent effectivement plus construites pour une ACP d'un point de vue numérique, certaines hypothèses de base de l'ACP sont inadaptées notamment :
les axes définis résultent de combinaisons linéaires des variables ce qui semble un peu bizarre quand on sait comment se comporte les abondances d'espèces les unes par rapport aux autres
Le problème principal de l'AFC est le phénomène de correspondance pointue (une espèce présente dans un seul habitat ou inversement) mais est plus apte à rendre compte des gradients environnementaux que l'ACP.
Donc c'est une histoire de choix plus que de modèle adapté aux données.

Pour tes données d'environnement, tu peux faire une analyse de Hill & Smith qui est une ACP sur un mélange de variables quali et quanti.

Pour ta thématique principale, tu es typiquement dans un cas d'ordination de 2 tableaux comme ce que fait une ACC ou une analyse de co-inertie. Dans ton cas je ferais plutôt la seconde qui permet de d'illustrer la co-structure entre espèce et variables environnementales au travers des parcelles.

Nik



Nik

Nombre de messages : 1501
Date d'inscription : 23/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par rom_03 le Sam 8 Juin 2013 - 9:20

Merci Nik,

Je pense que je vais faire une AFC pour les données des relevés phytosociologiques car je veux aussi m'appuyer sur la présence des espèces rares...

Pour ce qui est du reste je vais essayer de lancer les analyses que tu m'as conseillé. Encore merci!

Cordialement,

rom_03

Nombre de messages : 4
Date d'inscription : 05/06/2013

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Besoin d'aide pour une étude statistique en écologie!

Message par Contenu sponsorisé Aujourd'hui à 18:05


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Revenir en haut

- Sujets similaires

 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum