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Message par maky le Mer 22 Mai 2013 - 12:38

Bonjour à tous!
Je cherche à comparer 11 lacs entre eux selon différents paramètres.
J'ai 3 mesures par lac.
Mes valeurs ne suivant pas une loi normale, j'ai fais le test de Kruskal qui m'indique une différence significative.
Pour le test post-hoc j'ai choisi la fonction pairwise avec le test de Wilcoxon seulement le résultat qui me donne n'est pas interprétable ... je ne comprend pas ou est l'erreur !

Voici les lignes de code :
Code:

> #KRUSKAL
> kru=kruskal.test(ind~lac)
> kru

        Kruskal-Wallis rank sum test

data:  ind by lac
Kruskal-Wallis chi-squared = 24.4321, df = 10, p-value = 0.006532

> #Comparaison multiple
> wil=pairwise.wilcox.test(ind,lac)
Il y a eu 41 avis (utilisez warnings() pour les visionner)
> wil

        Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test

data:  ind and lac

              amboudinante amboudinoung ansegirabé ansegirabongo azuro
amboudinoung  -            -            -          -            -   
ansegirabé    -            -            -          -            -   
ansegirabongo -            -            -          -            -   
azuro        1            1            1          1            -   
bilensol      1            1            1          1            1   
canal        1            1            1          1            1   
dubuntiav    1            1            1          1            1   
malambria    1            1            1          1            1   
malantacy    1            1            1          1            1   
tchaco        1            1            1          1            1   
              bilensol canal dubuntiav malambria malantacy
amboudinoung  -        -    -        -        -       
ansegirabé    -        -    -        -        -       
ansegirabongo -        -    -        -        -       
azuro        -        -    -        -        -       
bilensol      -        -    -        -        -       
canal        1        -    -        -        -       
dubuntiav    1        1    -        -        -       
malambria    1        1    1        -        -       
malantacy    1        1    1        1        -       
tchaco        1        1    1        1        1       

P value adjustment method: holm


Merci de votre aide

maky

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Message par zezima le Mer 22 Mai 2013 - 12:57

Quelles sont tes variables ??

Le PairWise marche si tu as une variable catégorielle et une variable numérique.

En l'occurence c'est normal qu'il plante si tes variables sont catégorielles.
zezima
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Message par maky le Mer 22 Mai 2013 - 13:16

Je compare le nombre d'individus en fonction de mes différents lacs. J'ai donc une variable numérique et une avec mes lacs

indiv=nombre d'individus ressencés
lac= nom de mes lacs

C'est bien ça qu'il faut?

maky

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Message par zezima le Mer 22 Mai 2013 - 13:19

Oui.

Essaie :

pw=pairwise.wilcox.test(varA,varB,p.adjust.method="BH")
zezima
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Message par maky le Mer 22 Mai 2013 - 13:24

Code:

> pw=pairwise.wilcox.test(ind,lac,p.adjust.method="BH")
Il y a eu 41 avis (utilisez warnings() pour les visionner)
> pw

        Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test

data:  ind and lac

              amboudinante amboudinoung ansegirabé ansegirabongo azuro
amboudinoung  -            -            -          -            -   
ansegirabé    -            -            -          -            -   
ansegirabongo -            -            -          -            -   
azuro        0.16        0.16        0.16      0.16          -   
bilensol      0.16        0.16        0.16      0.16          0.82
canal        0.22        0.22        0.22      0.22          0.58
dubuntiav    0.16        0.16        0.16      0.16          0.82
malambria    0.16        0.16        0.16      0.16          1.00
malantacy    0.16        0.16        0.16      0.16          0.82
tchaco        0.65        0.65        0.65      0.65          0.31
              bilensol canal dubuntiav malambria malantacy
amboudinoung  -        -    -        -        -       
ansegirabé    -        -    -        -        -       
ansegirabongo -        -    -        -        -       
azuro        -        -    -        -        -       
bilensol      -        -    -        -        -       
canal        1.00    -    -        -        -       
dubuntiav    1.00    0.89  -        -        -       
malambria    0.58    0.58  0.58      -        -       
malantacy    0.82    0.89  0.90      1.00      -       
tchaco        0.31    0.58  0.31      0.31      0.31   

P value adjustment method: BH

c'est beaucoup mieux! Merci!
Les valeurs représentent les p-value ?

maky

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Message par zezima le Mer 22 Mai 2013 - 13:32

Exact, le tableau affiche les pvaleurs :

le nombre d'individus entre tchaco et bilensol n'est pas significativement différent.

Ce qui est bizarre c'est que tu aies trouvé une valeur significative pour le test de KW.
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Message par maky le Mer 22 Mai 2013 - 13:45

oui ... il faudrait que j'ai des p-valeurs soit inférieure à 0.05 non?
c'est peut-être mes 3 premiers lacs, pourquoi ont-il aucune valeur?

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Message par zezima le Mer 22 Mai 2013 - 14:08

Je n'en ai pas la moindre idée.
Je te recommande l'avis de mes confrères pour te répondre.
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