Analyse de diversité, AFC et complément

Bonjour à tous, je me tourne vers vous afin de trouver une réponse à une question qui me taraude depuis bientôt un mois. Je suis étudiant, en deuxième année de Master avec une spécialité en microbiologie, en plein stage du deuxième semestre. Mon sujet consiste à analyser le résultat d'un séquençage sur différents échantillons d'eau salé, afin d'analyser la diversité des organismes présents en fonction de la salinité. Pour faire simple j'ai un grand tableau de données avec sur chaque ligne un individu (une espèce de microrganisme pour schématiser) et le nombre de copies d'ADN correspondant à cet individu (en gros l'effectif) pour chaque point de prélèvement (6 emplacements différents). Un exemple:

...
Il y en a plus de 500.

J'ai également la salinité mesuré pour chacun des 6 points de prélèvement. Pour repérer qui est présent où, j'ai donc naturellement réalisé une AFC, qui m'a donné de très bons résultats, j'obtiens en gros trois "secteurs" (3 "tranches") de salinité cohérents avec les salinités mesurées; avec des organismes spécifiques d'un niveau particulier de salinité, d'autres à cheval entre deux niveaux, et même 2-3 points avec une position complètement aberrante, vous savez ces 2-3 petits points qui vous filent des sueurs froides quand vous présenté votre travail à la réunion mensuel et qu'on vous demande "et ça, tu l'explique comment?" .

Alors voilà ma question, à votre avis, je peux faire quoi maintenant? Je sais plus quoi faire comme analyse, sachant que le logiciel qui gère mes échantillons me donne automatiquement les indices de diversité type Shanon ou Chao pour ceux qui connaissent. L'AFC est très pratique mais mon prof me dit qu'il y'a d'autres analyses à effectuer mais je vois pas quoi faire d'autre!? Est-ce que j'ai loupé des étapes? Est-ce que quelqu'un à une idée à me suggérer? J'ai cherché sur le forum mais pas moyen de trouver une idée qui ai l'air de coller à mon problème. Je précise qu'en stats, je suis une vraie "secrétaire": je sais faire plein de tests et utiliser plein de programmes de stat, mais je sais jamais quoi utiliser et quand! J'attend vos suggestions avec impatience!

Salut, moi j'aurais fait une ACP (Analyse en Composante Principale) sur des données qualitatives.

C'est la même méthode que l'AFC... mais pour des données quantitatives seulement

Bonjour,

Alors voilà ma question, à votre avis, je peux faire quoi maintenant?

Voilà justement le genre de question qu'un statisticien ne peut (ne doit) pas répondre.
Je veux pas être trop abrupt mais c'est toi qui doit amener les questions. C'est quelque chose qui est souvent répété sur tous les forum de stats : les statistiques sont un moyen pratique de répondre aux questions qui doivent être posées au préalable avant même toute acquisition de données.
Donc, s'il y a d'autres analyses à faire c'est qu'il y a d'autres questions à se poser.

C'est la même méthode que l'AFC... mais pour des données quantitatives seulement

Ce n'est pas la même chose et on n'est pas obligé de choisir entre l'un ou l'autre car ces analyses donnent un oint de vue totalement différent sur les données notamment parce que les hypothèses posées au départ sur la structure du jeu de données ne sont pas les mêmes.

Zezima: Justement l'AFC me paraissait plus indiquée pour mon problème, non?
Nik: Je comprend bien mais la question est justement là! Si tu préfère, je la repose: mon but, c'est de repérer qui est spécifique d'un point de prélèvement (et donc d'une salinité), qui est plus tolérant avec la salinité et se retrouve dans deux sites, et qui est ubiquitaire et se retrouve partout. Et justement, l'AFC est parfaite pour répondre à toutes ces questions à la fois. Alors finalement si je me tourne vers vous c'est pour vous demander "est-ce qu'il y a un autre test ou une autre analyse qui puissent répondre à ces questions, ou compléter l'AFC?" Je ne pense pas par exemple qu'une corrélation ou une régression me soit utile mais je peux me tromper!

tu veux caractériser l'habitat (tolérance à la salinité) des espèces avec seulement un relevé par condition de salinité ?

Pour ce qui est de compléter l'AFC, je ne vois pas à priori. L'analyse de niche peut être pas mal pour ce qui te concerne mais étant donné le côté unidimensionnel de ce qui t'intéresse ça me parait un peu lourd.

Attention toutefois quant à ta question initiale car là tu caractérises une niche relativement à la présence des autres espèces du cortège. C'est l'avantage et l'inconvénient de travailler à l'échelle de la communauté.

En fait voilà mes données physico chimiques:
Salinity Cl Na Mg K
P1 3,72 625 414,2608696 128,852459 12,30179028
P2 8 1410 855,826087 289,0163934 28,74680307
P5 26 4680 3637,391304 809,4262295 88,10741688
P7 29,8 5240 3507,391304 1904,508197 207,2890026
P8 35 5400 3366,956522 2050,819672 229,1560102

Et mon AFC:



En fait techniquement oui je n'ai qu'un seul relevé par salinité, mais comme tu peux le voir il y a certaines salinités avec des niveaux très proches qui se retrouvent regroupées sur l'AFC (mon prof n'a pas les données pour P10...). Je suis d'accord, c'est très léger comme jeu de données, surtout pour pondre un mémoire de 25 pages!!! Je ne vois pas non plus l'intérêt de se concentrer sur la concentration d'un ion ou d'un autre, vu qu'il n'y a pas assez de données et que de toutes façon les concentrations des ions sont corrélées à la salinité. Je vais me renseigner sur l'analyse de niche, merci de ton aide