message d'erreur avant GLM

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Message par Onyssius le Lun 28 Jan 2013 - 13:05

Bonjour,

je viens vers vous parce que je galère énormément aujourd'hui.
J'ai un fichier excel, à importer dans R. J'ai remplacé les virgules par des points, j'ai enregistré mon fichier en . csv avec séparateur ;

Je cherche à réaliser un Glm. Mais voilà, j'arrive pas à trouver où est le souci dans mes données, il me met un message d'erreur concernant une de mes colonnes.
Je comprends pas, je viens vers vous, plus dépitée que jamais, le pire c'est que ce script a déjà été utilisé... merci de m'aider. pale

> data1<-read.table("data_cagou.csv", header=T)
> str(data1)
'data.frame': 186 obs. of 1 variable:
$ Area.No.Pres_abs.Altitude.Geology.Vegetation.D._tribu.D_road.Forestry.Hunting.Isolation: Factor w/ 186 levels "Amoa.River;43;0;350;2;3;1.9;0.7;1;2;1",..: 121 132 140 141 142 143 144 145 146 122 ...
> attach(data1)
> table(Pres_abs)
Erreur dans table(Pres_abs) : objet 'Pres_abs' introuvable
> mod0<-glm(Pres_abs~ 1, family=binomial, data=data1)
Erreur dans eval(expr, envir, enclos) : objet 'Pres_abs' introuvable

Onyssius

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Message par Nik le Lun 28 Jan 2013 - 15:19

Salut,

Ce qui est sûr c'est que ta table s'est très mal importé : tu n'as qu'une seule colonne nommée : Area.No.Pres_abs.Altitude.Geology.Vegetation.D._tribu.D_road.Forestry.Hunting.Isolation
Donc c'est normal que R ne trouve pas de Pres_abs. Au passage, apprend très vite à ne pas utiliser la fonction attach() car tu va au devant de grosses erreurs. C'est très commode mais très risqué. Tu peux utiliser la fonction with() pour compenser.

Pour ton tableau, c'est difficile à voir où ça cloche mais fait :
Code:
data1 <- read.csv("data_cagou.csv", header=T,sep=";")

On dirait que tu as une double en-tête de colonne car tu te retrouve avec un "Amoa.River" en première valeur . Il semble aussi que tu aies plusieurs colonne initialement (vu les noms séparés par un ".") mais tu te retrouves avec un seul nom de colonne.

Peut-être que tu devrais nous faire voir comment est formaté ton tableau dans excel si ma solution ne marche pas

Nik

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Message par manoustat le Ven 5 Avr 2013 - 6:06

salut !

As tu bien enregistré ton doc excel sous format csv separateur ; ?

rajoute dec="." pour lui spécifier les . comme séparateur de décimal.

Pour le reste, Nik a raison !

A+

manoustat

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Message par Onyssius le Ven 5 Avr 2013 - 9:14

Merci pour vos messages, pardon de ma lenteur de réponse, j'ai eu un problème de santé nécessitant de la rééduc et je ne me suis plus trop occupée de ça... En le refaisant aujourd'hui, ben ... ça marche, et je ne sais même pas pourquoi.

Merci encore, à bientôt !

Onyssius

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