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Message par StephaniePi le Lun 17 Sep 2012 - 14:02

Bonjour à tous,
Je viens sur ce forum chercher de l'aide !

J'ai 87 gènes qui m'intéressent. Je regarde ceux ciblés par un petit ARN : j'en ai 20/87 soit 23%
je fais une manip contrôle dans laquelle je crée une banque de petit ARN en changeant les positions de tous les nucléotides de la séquence originale.
Sur les 87 gènes, j'ai maintenant 8 gènes ciblés par mes randoms petits ARNs soit 9%

On m'a conseillé de montrer que cette diminution d'ARN cibles dans l'expérience random est statistiquement significative (ou pas) grâce à un test de khi2.
J'ai donc fait ceci :
Code:
> x =c(20,67)
> y = c(8,79)
> MAT <- matrix(c(x,y), ncol=2)
> chisq.test(MAT)

        Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

data:  MAT
X-squared = 5.1502, df = 1, p-value = 0.02324
Est ce correct ?
Merci d'avance pour votre réponse,
Cordialement

StephaniePi

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Message par Nik le Mar 18 Sep 2012 - 8:12

Salut,

tu ne démontre pas une diminution statistiquement significative. Tu montre qu'il existe un lien (une différence d'effectif) entre l'état ciblé/pas ciblé d'un gène et la nature de l'expérience.

C'est juste une question de vocabulaire mais qui a son importance en terme de rédaction des tests statistiques.

Nik

Nik

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Message par StephaniePi le Mar 18 Sep 2012 - 8:15

Bonjour,
Merci pour ta réponse !
Est ce que ma rédaction sous R est correcte ? J'ai du mal avec la matrice !

StephaniePi

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