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Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)
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Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)
Bonjour,
J'ai un jeu de données avec des niveaux d'un composé mesuré à 4 reprises (visite 1, 2, 3, 4) pour chaque individu. Je voudrais étudier la variabilité des niveaux au cours des visites, à l'aide de la variance intra et inter-sujets et du coefficient de corrélation intra-classe. Pour cela, on m'a dit de construire un modèle mixte en considérant l'individu comme effet aléatoire.
Je découvre R... J'ai utilisé la fonction "lmer" de la library(lme4) et j'ai écris :
Voici ce que j'obtiens :
###############################
var
Linear mixed model fit by REML
Formula: compose ~ visite + (1 | sujet)
AIC BIC logLik deviance REMLdev
744.9 761.8 -368.4 723.4 736.9
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
sujet (Intercept) 0.19523 0.44185
Residual 0.15707 0.39632
Number of obs: 505, groups: sujet, 128
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 2.9297466 0.0526848 55.61
visite 0.0004034 0.0043681 0.09
Correlation of Fixed Effects:
(Intr)
visite -0.581
##################
Je vois la variance inter-sujet, 0,195 mais la variance intra-sujet ? c'est la variance "résiduelle" ? 0,15 ?
Je vous remercie pour vos lumières,
J'ai un jeu de données avec des niveaux d'un composé mesuré à 4 reprises (visite 1, 2, 3, 4) pour chaque individu. Je voudrais étudier la variabilité des niveaux au cours des visites, à l'aide de la variance intra et inter-sujets et du coefficient de corrélation intra-classe. Pour cela, on m'a dit de construire un modèle mixte en considérant l'individu comme effet aléatoire.
Je découvre R... J'ai utilisé la fonction "lmer" de la library(lme4) et j'ai écris :
- Code:
var<- lmer(compose ~ visite + (1|sujet))
var
Voici ce que j'obtiens :
###############################
var
Linear mixed model fit by REML
Formula: compose ~ visite + (1 | sujet)
AIC BIC logLik deviance REMLdev
744.9 761.8 -368.4 723.4 736.9
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
sujet (Intercept) 0.19523 0.44185
Residual 0.15707 0.39632
Number of obs: 505, groups: sujet, 128
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 2.9297466 0.0526848 55.61
visite 0.0004034 0.0043681 0.09
Correlation of Fixed Effects:
(Intr)
visite -0.581
##################
Je vois la variance inter-sujet, 0,195 mais la variance intra-sujet ? c'est la variance "résiduelle" ? 0,15 ?
Je vous remercie pour vos lumières,
Nat75- Nombre de messages : 2
Date d'inscription : 08/07/2012
Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)
C'est tout à fait ça.
Et du coup le CCI sera le rapport de la variance inter sur la somme des variances inter et intra
Et du coup le CCI sera le rapport de la variance inter sur la somme des variances inter et intra
Ayana- Nombre de messages : 550
Localisation : Londres
Date d'inscription : 18/08/2009
Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)
Merci !
J'ai une autre petite question. On apprend en théorie que la variable à expliquer doit suivre une distribution normale. Dans mon mon cas, elle suit une distribution normale si j'applique une transformation inverse. En le faisant, j'ai une variance inter-sujet minuscule, du genre 10^-11 (une variance intra-: 0,268) alors, qu'avec la transformation log, elle est de de 0,04 (intra-: 0,268), donc j'ai des CCI très différents !!! C'est étrange, non ?
Dans la plupart des articles que j'ai pu lire, ils appliquent une transformation log en justifiant par le fait que la distribution est asymétrique. Que me conseillez-vous ?
Merci encore,
J'ai une autre petite question. On apprend en théorie que la variable à expliquer doit suivre une distribution normale. Dans mon mon cas, elle suit une distribution normale si j'applique une transformation inverse. En le faisant, j'ai une variance inter-sujet minuscule, du genre 10^-11 (une variance intra-: 0,268) alors, qu'avec la transformation log, elle est de de 0,04 (intra-: 0,268), donc j'ai des CCI très différents !!! C'est étrange, non ?
Dans la plupart des articles que j'ai pu lire, ils appliquent une transformation log en justifiant par le fait que la distribution est asymétrique. Que me conseillez-vous ?
Merci encore,
Nat75- Nombre de messages : 2
Date d'inscription : 08/07/2012
Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)
Bonjour,
Je souhaiterais avoir des précisions sur toutes les valeurs que renvoi R quand on utilise lmer. AIC...etc? si c'est possible?
Je vous remercie pour votre aide
Je souhaiterais avoir des précisions sur toutes les valeurs que renvoi R quand on utilise lmer. AIC...etc? si c'est possible?
Je vous remercie pour votre aide
piche63- Nombre de messages : 1
Date d'inscription : 24/01/2013
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