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Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

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Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

Message par Nat75 le Dim 8 Juil 2012 - 14:29

Bonjour,

J'ai un jeu de données avec des niveaux d'un composé mesuré à 4 reprises (visite 1, 2, 3, 4) pour chaque individu. Je voudrais étudier la variabilité des niveaux au cours des visites, à l'aide de la variance intra et inter-sujets et du coefficient de corrélation intra-classe. Pour cela, on m'a dit de construire un modèle mixte en considérant l'individu comme effet aléatoire.
Je découvre R... J'ai utilisé la fonction "lmer" de la library(lme4) et j'ai écris :

Code:
var<-  lmer(compose ~ visite + (1|sujet))
var

Voici ce que j'obtiens :
###############################
var
Linear mixed model fit by REML
Formula: compose ~ visite + (1 | sujet)
AIC BIC logLik deviance REMLdev
744.9 761.8 -368.4 723.4 736.9
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
sujet (Intercept) 0.19523 0.44185
Residual 0.15707 0.39632
Number of obs: 505, groups: sujet, 128

Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 2.9297466 0.0526848 55.61
visite 0.0004034 0.0043681 0.09

Correlation of Fixed Effects:
(Intr)
visite -0.581

##################

Je vois la variance inter-sujet, 0,195 mais la variance intra-sujet ? c'est la variance "résiduelle" ? 0,15 ?
Je vous remercie pour vos lumières,

Nat75

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Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

Message par Ayana le Lun 9 Juil 2012 - 8:37

C'est tout à fait ça.
Et du coup le CCI sera le rapport de la variance inter sur la somme des variances inter et intra
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Ayana

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Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

Message par Nat75 le Lun 9 Juil 2012 - 16:04

Merci !
J'ai une autre petite question. On apprend en théorie que la variable à expliquer doit suivre une distribution normale. Dans mon mon cas, elle suit une distribution normale si j'applique une transformation inverse. En le faisant, j'ai une variance inter-sujet minuscule, du genre 10^-11 (une variance intra-: 0,268) alors, qu'avec la transformation log, elle est de de 0,04 (intra-: 0,268), donc j'ai des CCI très différents !!! C'est étrange, non ?
Dans la plupart des articles que j'ai pu lire, ils appliquent une transformation log en justifiant par le fait que la distribution est asymétrique. Que me conseillez-vous ?

Merci encore,

Nat75

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Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

Message par piche63 le Jeu 24 Jan 2013 - 16:16

Bonjour,

Je souhaiterais avoir des précisions sur toutes les valeurs que renvoi R quand on utilise lmer. AIC...etc? si c'est possible?


Je vous remercie pour votre aide

piche63

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Re: Mesures répétées, effet aléatoire et fixe (fonction lmer)

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