choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 8:36

Bon c'est un peu plus compliqué que j'accèpte si je veux ou non... mais l'amalgame vient de moi, mea culpa, j'aurais du préciser de quoi je parle lors de ma première réaction sur ce topic.

Ce que je voulais dire c'est que dans le domaine biomédicale on est souvent confronté à des pathologies rares (encore un mea culpa, je n'ai pas vraiment lu en profondeur le thème du topic mais j'ai juste vu la table qui pouvait évoquer celà éventuellement) ou encore le fait de travailler dans des labos industriels avec des thèsards qui doivent breveter et publier pour valider leur doctorat et là on a quand même énormément de mal à dire non... En fait on dit obligatoirement oui car on peut pas bloquer un thésard et pour le cas de pathologie rare, il vaut mieux faire quelque chose de non robuste mais en gardant à l'esprit la taille d'échantillon que de ne rien faire... un début de quelquechose est mieux qu'un rien du tout.

Après je conviens que sur des pathologies plus connus et plus répandues, en effet on part pas sur des stats qui n'ont aucune robuste future, et pour les articles, en effet l'impact factor est trompeur et on tombe parfois sur des articles qui n'ont aucun sens, malheureusement toute cette pillule passe amèrement car il y a un piston non négligeable dans ce milieu.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par Nik le Ven 4 Mai 2012 - 9:31

En fait on dit obligatoirement oui car on peut pas bloquer un thésard et pour le cas de pathologie rare, il vaut mieux faire quelque chose de non robuste mais en gardant à l'esprit la taille d'échantillon que de ne rien faire... un début de quelquechose est mieux qu'un rien du tout

Et pourquoi ne tout simplement pas faire de stat ? Une discussion argumentée peut être tout aussi pertinente avec simplement des graphiques d'illustration pour visualiser la donnée. Vouloir faire des stats à tout prix c'est bien la première erreur il me semble. Une donnée transformée en numérique n'est pas plus valable qu'une donnée verbale.

Nik

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par gg le Ven 4 Mai 2012 - 9:36

Merci Nik,

d'avoir explicité clairement ce que j'ai essayé de dire lors de l'intervention où je parlais de Pasteur.

Cordialement.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par Nik le Ven 4 Mai 2012 - 9:39

De rien, je commence à parler couramment le gg Razz

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par Ayana le Ven 4 Mai 2012 - 9:42

Thanks! En fait, on ne se comprend pas toujours mais je crois qu'au fond on est tous d'accord! J'ai posté une vidéo dans "discussion" qui témoigne assez bien des difficultés de communication entre statisticiens et investigateurs. Et ce n'est pas si loin de notre discussion actuelle!

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 10:03

Tout simplement, Nik et gg, car un papier dans ce milieu là sans stats ne vaut rien ou presque... nous sommes en plein dans la frontière qui sépare la théorie et la pratique... dans la théorie on suppose un peu trop facilement que le monde est parfait, dans le milieu médical ce n'est pas le cas.

Encore une fois je n'approuve pas celà mais là où il y a amalgame c'est que dans le cas d'échantillon rare on s'amuse pas à se servir des stats pour statuer sur des choses ambigus, on restreint ça à des choses flagrantes comme un marqueur qui discrimine à lui seul à 90% contre un autre qui le fait à 60%. Une bonne discussion ne pourra jamais faire trancher les avis qui dans ce milieu là sont particulièrement virulant tant la concurrence est rude, si tu as pas une p-value qui va dans ton sens, autant ne pas parler d'un projet en concurrence.

Autant je n'approuve pas les stats sur des échantillons complètement bancales, autant je n'approuve pas le fait de ne pas en faire pour aiguiller une piste biologique qui tient la route et qui peut donner suite à quelque chose de plus grand (au pire la validation se plante et basta), et on parle des stats mais les cliniciens ne sont pas des bourrins non plus, avant les stats il y a ce que j'appel grossièrement "observation biologique" et c'est ça que le statisticien met en valeur dans ce type de cas. Un exemple sur un projet d'une pathologie rare, 10 sains versus 10 malades sur une cohorte française, les références cliniques discriminent à elle seul 60% des patients et combinées 65% et tu as des marqueurs à coté qui discriminent à 90% et que les biologistes savent expliquer, je ne rougis pas d'avoir fait ces stats là sous couvert du warning: échantillon faible donc à voir comme une étude de faisabilité qu'une étude veridict.

Bref faire des stats n'importe comment c'est pas bien, mais ne pas en faire de façon prudente c'est pas non plus si malin que ça.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par gg le Ven 4 Mai 2012 - 11:07

Mais voyons,

Joyeux_lapin, il n'est pas impossible de faire des statistiques et même de comparer des échantillons d'effectifs très faibles. A condition de savoir ce qu'on fait et d'utiliser les bons outils. Tu serais surpris de voir comment une modélisation binomiale permet de clarifier une situation déjà assez nette, mais contestée.
Ce qui est en cause, c'est la sacralisation du test fait n'importe comment, hors son domaine de validité (j'inclus dans la validité la robustesse). Par exemple la non prise en compte de l'existence de biais dans le choix des sujets ("on fait ce qu'on peut, on prend ce qu'on a". D'accord, mais alors ne pas faire comme si c'était un échantillon pris au hasard).
J'y ajouterais la sacralisation du seuil de 5 % surtout pratique pour le 1,96 qui s'arrondit bien à 2 !!!

Autrement dit ta pratique n'est pas mise en cause.

mais Nik a sans doute des exemple adaptés à ton domaine, moi je connais surtout le domaine stats industrielles (mais dans les publications scientifiques du domaine, j'ai aussi vu deux beaux articles fantaisistes).

Cordialement.

gg

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 11:09

Entièrement d'accords sur le biais et le coup de l'arrondi!

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par c@ssoulet le Ven 4 Mai 2012 - 12:31

La sacralisation des stats n'est pas une règle absolue en médecine, loin de là. Je travaille dans un centre de recherches cliniques depuis plus de 15 ans. Les profs et médecins seniors (du centre de recherches et des services de soins) ont énormément de recul par rapport aux résultats d'une étude isolée, y compris des notres. La seule chose en laquelle ils croient vraiment, c'est des résultats concordants de plusieurs études cliniques confortés par une étude de cohorte. Et si, après quelques années et pas mal de publis, une meta-analyse vient clarifier les idées et fixer des ordres de grandeur c'est pas dommage.

Ceci dit, côté effectif on aimerait toujours avoir plus. Mais c'est pas toujours possible pour des raisons de temps, de financements ou tout simplement de pathologie (une maladie rare, c'est... rare....). On en viant alors à une question triviale: vaut il mieux ne rien faire ou faire quelque chose de criticable qui aura au moins le mérite de dégager quelques pistes ?

Eh bien quand tu vois autre chose que des tableaux de chiffres, c'est à dire quand tu vois les gens devant toi et leurs problèmes, tu n'as pas envie de rien faire.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par pierredenis le Ven 4 Mai 2012 - 13:09

bonjour c@ssoulet.
personnellement, je pense qu'il n'y a aucune avancée thérapeutique majeure depuis des années. Sur quel sujet épidémio/statistique travaillez-vous et que pensez-vous de mon affirmation ?
cordialement

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par gg le Ven 4 Mai 2012 - 13:11

C@ssoulet,

on est bien d'accord !

gg

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 13:42

Je crois que l'un des facteurs importants des echecs thérapeutiques ou leur manque d'efficacité provient surtout du temps et de la difficulté à diagnostiquer à temps la pathologie, or l'industrie du diagnostic in vitro est jeune (je le sais, je bosse dedans) et peu d'entreprises en France ont décidé de faire le pari et celles qui l'ont fait se rendent compte de la vision prometteuse qu'elles ont eu.

Mais bon là aussi, c'est pas avec les moyens qu'on donne au monde biomédicale que ça ira vite... ou même les bassaisses de certains cliniciens accrochés de façon veireuses à leur précieux échantillons plutôt que de les pooler à d'autres cohortes et de permettre aux choses d'avancer encore plus vite n'aident pas non plus.

Bref dernier commentaire pour moi sur ce topic, non pas que le sujet me fatigue, bien au contraire je pourrais parler de mon métier toute la journée, mais on est pas non plus là pour ça à long terme.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par pierredenis le Ven 4 Mai 2012 - 14:03

temps et de la difficulté à diagnostiquer à temps la pathologie

dommage que vous partiez, joyeux_lapin, car je ne suis pas d'accord avec votre analyse.
la médecine n'a pas trouvé la clé qui lui manquait pour comprendre ce qu'elle faisait et ce qui se passe dans les "maladies", c'est pour moi l'unique raison.
à bientot.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 14:28

Bon alors vraiment parce qu'on me retiens hein!!! (LOL!)

Je suis entièrement d'accords avec le fait qu'on est contraint par un manque de cas et un manque d'appronfondissement possible de ce que l'on sait (d'où ma petite pique sur les moyens financiers accordés aux chercheurs et surtout aux cliniciens égoïstes!), et les contraintes imposées par l'industrie pharmaceutique n'aident pas avec des objectifs/contraintes économiques qui obligent à proposer des signatures de marqueurs pas toujours cohérentes (du point de vue de la limite du nombre de marqueurs combinés dans une signature).

Mais tout l'enjeu de l'axe diagnostic est d'être au coeur du problème d'une certaine manière, et on sait tous très ben que plus vite est diagnostiquée une pathologie, plus grande sont les chances de soigner le patient, là je crois pas qu'on ne puisse pas être d'accords.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par pierredenis le Ven 4 Mai 2012 - 14:58

oui en effet, je suis d'accord avec la fin de votre phrase.

la compréhension heuristique des maladies n'est pas une question de moyens, mais une question de connaissances scientifiques...
Les grandes découvertes (on peut en citer des dizaines) ont été faites sans moyens particuliers : l'électromagnétisme (une boussole et une pile !), la vaccination, la radioactivité... la double hélice de l'ADN (des chercheurs sans le sou).... je peux continuer longtemps.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par joyeux_lapin13 le Ven 4 Mai 2012 - 15:20

Non, je n'ai pas dit que c'était un problème de moyen, je dis juste qu'avec de meilleur moyen , plus de réunion, plus d'ouverture, plus de confrontation d'idée, l'évolution de tout ça serait exponentielle puissance exponentielle!

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par c@ssoulet le Ven 4 Mai 2012 - 16:00

Pierredenis, je crois que tu n'as pas une vision très juste du monde de la recherche. Ca coute cher de faire de la recherche. Le mythe du chercheur sans le sou qui révolutionne tout sur un simple éclair de génie est justement un mythe. Watson et Creek qui font tilt sur la structure en double hélice, d'une part c'était pas des pouilleux paumés au fond d'un garage et d'autre part leur intuition a été de faire la synthèse de très nombreux travaux précédemment publiés, qui n'étaient pas gratuits, et de faire les manips de confirmation.

Si tu veux faire avancer la clinique, il faut faire de la recherche clinique. Un plan d'essais cliniques d'un nouveau médicament par un industriel, de la phase 1 à l'AMM, c'est à la louche le prix de 3 avions de ligne. Que pour la recherche clinique. Il faut rajouter le fondamental et la pré-clinique (animaux...) si tu veux avoir une idée du cout total. Un protocole de recherche clinique simple développé dans le cadre d'un organisme public (donc avec des tarifs d'actes très préférentiels) c'est quasi impossible à monter en dessous de 50 KE.

Quand à dire qu'il n'y a pas eu d'avancée thérapeutique majeure ces dernières années, c'est très exagéré. Il y a certes une certaine cuisine chez les industriels consistant à donner un petit coup de jeune à de vieilles molécules, mais il y a aussi de grands pas franchis dans le traitement de pas mal de pathologies et dans l'orientation de certaines stratégies thérapeutiques.

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Re: choix d'hospitaliser un patient et réalisation de l'évènemen

Message par pierredenis le Ven 4 Mai 2012 - 17:04

La recherche clinique coûte ce que tu dis.
Je ne parle pas de recherche pharmaceutique, je me place au niveau des idées, et joyeux_lapin m'a bien cerné.
Toute idée, aussi géniale soit elle, qui fait "tilt" comme tu dis, part toujours de l'existant, et se base nécessairement sur des études antérieures, et je te rejoins parfaitement.

Le problème des scientifiques, c'est un manque de connaissances scientifiques générales, c'est à dire de la culture générale.

La spécialité a littéralement tué la recherche.

mais bon, on pourrait en parler des heures.

Je suis donc globalement d'accord avec vous, sur le coût, sur les contraintes, etc... mais une recherche, ce n'est pas aller à la pêche avec un chalutier.
Or, quand je lis des revues de biologie cellulaire, je vois des chercheurs qui vont à la pêche à la molécule, à l'ARNm dernier cri.
Après, comment tout cela marche, comment tout cela s'assemble ? personne n'en sait rien, puisque chacun ne connait que sa spécialité. Le cardiologue connait le médicament dernier cri pour sa pathologie. Après, comment se passe la respiration, comment se déroule l'échange des gaz au niveau de la cellule par exemple, cela il n'en sait rien et c'est très très dommage.
Et tout fonctionne comme cela. En médecine. Le reste je connais pas.

Il manque donc, ainsi que je le disais, une théorie heuristique de la cellule, quelque chose qui fasse que les éléments s'assemblent de manière cohérente, et ne soient pas simplement des objets de catalogue, dans l'espoir de trouver, miraculeusement, la solution à une maladie.

Mais bon, je viens d'arriver sur ce forum, et je polémique beaucoup, et je tiens à m'en excuser. Probablement que le sujet me tient trop à coeur...

agréable soirée à tous. Smile

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