analyse en co-inertie

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Message par ynes le Mer 19 Oct 2011 - 16:28

Bonjour à tous


je suis nouvelle et débutante avec R, j'ai utilisé XL stat avant pour réaliser des ACP, et ça a marché, le problème que la j'ai une base de données un peu spécifique, mon encadreur m'a recommandé de faire une analyse en co-inertie, je ne trouve pas cette fonction sur XLstat, j'ai alors téléchargé R et j'ai commencé avec le jeux des packages, je suis arrivé a lancer le package Rcmdr et mettre mon tableau, mais il s'avère que pour faire l'analyse en co-inertie il faut le package ade4, je l'ai installé mais j'arrive pas à le lancer comme avec Rcmdr pour pouvoir mettre ma base de données Embarassed voila si quelqu'un peut m'aider ça sera trop gentil

ynes

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Message par Hadrien35 le Mer 19 Oct 2011 - 16:57

Contrairement à Rcmdr, le package ade4 n'ouvre pas de fenetre spécifique, donc quand tu le charges:
Code:
library(ade4)
tu continues à tapper des lignes de codes, et non du clic-bouton comme dans Rcmdr...
Si tu as quelques soucis, tu peux:
- Soit lancer Rcmdr puis taper dans la fenetre de script de Rcmdr le code
Code:
library(ade4)
(pas certain que ça fonctionne mais il me semble que si
- Soit lancer Rcmdr, importer tes données, et recopier ta ligne de script dans le fenetre principale (si c'est seulement l'importation qui te pose soucis)

Ensuite, pour l'analyse en co-inertie...
Je connais pas :p

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Message par ynes le Mer 19 Oct 2011 - 17:38

Hadrien35 a écrit:Contrairement à Rcmdr, le package ade4 n'ouvre pas de fenetre spécifique, donc quand tu le charges:
Code:
library(ade4)
tu continues à tapper des lignes de codes, et non du clic-bouton comme dans Rcmdr...
Si tu as quelques soucis, tu peux:
- Soit lancer Rcmdr puis taper dans la fenetre de script de Rcmdr le code
Code:
library(ade4)
(pas certain que ça fonctionne mais il me semble que si
- Soit lancer Rcmdr, importer tes données, et recopier ta ligne de script dans le fenetre principale (si c'est seulement l'importation qui te pose soucis)

Ensuite, pour l'analyse en co-inertie...
Je connais pas :p

merci pour la réponse mais j'ai essayé en tapant le code ade4 dans Rcmdr mais ça ne change rien No donc les fonctionnalités de ade4 n'apparaissent pas, car c'est ça ce que je veux, c'est d'arriver à un code nommé "coinertia"

sinon comment je peux taper des lignes de code dans la console pour pouvoir mettre ma base de données? quelles sont ces lignes?
parceque si je tape par exemple:

Coinertia analysis
data(X)
sachant que X est ma base de données qui est sur mon pc en fichier txt ,il n'arrive pas à emporter les données et m’écrit X jeu de données introuvable

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Message par Nik le Mer 19 Oct 2011 - 21:54

Bonsoir,
j'ai essayé en tapant le code ade4 dans Rcmdr
Non il faut taper dans la console de base de R, pas celle de Rcmdr
Pour faire une co-inertie, il faut déjà analyser les deux tableaux avec une ACP sur chaque tableau ou une ACP sur un et une AFC sur l'autre.

Il faut que tu lises au moins le document d'Emmanuel Paradis pour avoir les concepts de base de R, comme l'importation de données ou encore la création d'objets.

Nik


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Message par droopy le Mer 19 Oct 2011 - 22:53

tu as aussi ade4TkGUI qui est une interface graphique sous r pour faire tourner les analyses d'ade4.
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Message par ynes le Jeu 20 Oct 2011 - 10:21

Bonjour Nik

Nik a écrit:Bonsoir,
j'ai essayé en tapant le code ade4 dans Rcmdr
Non il faut taper dans la console de base de R, pas celle de Rcmdr


oui j'ai vu cela n'abouti à rien en fait Rolling Eyes


Nik a écrit: Pour faire une co-inertie, il faut déjà analyser les deux tableaux avec une ACP sur chaque tableau ou une ACP sur un et une AFC sur l'autre.

merci pour cette information, je ne le savais pas donc je dois deviser mon tableau en deux données biotiques et données abiotiques et en faire 2 ACP


Nik a écrit: Il faut que tu lises au moins le document d'Emmanuel Paradis pour avoir les concepts de base de R, comme l'importation de données ou encore la création d'objets.

c'est un très bon doc merci, selon lui pour avoir de l'aide en ligne on tape:

> help(coinertia)

j'ai reçu ceci


Description:

The coinertia analysis performs a double inertia analysis of two
arrays.

Usage:

coinertia(dudiX, dudiY, scannf = TRUE, nf = 2)
## S3 method for class 'coinertia'
plot(x, xax = 1, yax = 2, ...)
## S3 method for class 'coinertia'
print(x, ...)
## S3 method for class 'coinertia'
summary(object, ...)

Arguments:

dudiX: a duality diagram providing from one of the functions
dudi.coa, dudi.pca, ...

dudiY: a duality diagram providing from one of the functions
dudi.coa, dudi.pca, ...



donc d'après ce que j'ai compris dudiX et dudi Ysont les 2 figures données par les 2ACP ou je me trompe?


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Message par ynes le Jeu 20 Oct 2011 - 10:24

droopy a écrit:tu as aussi ade4TkGUI qui est une interface graphique sous r pour faire tourner les analyses d'ade4.

Bonjour Droopy

je la trouve ou cette interface graphique scratch

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Message par Nik le Jeu 20 Oct 2011 - 12:38

donc d'après ce que j'ai compris dudiX et dudi Ysont les 2 figures données par les 2ACP ou je me trompe?
Non. Il faut vraiment que tu potasses des fiches sur R car là tu es très loin de maitriser les bases.
L'aide de R est assez claire là dessus les dudiX et dudiY sont les 2 schémas de dualité issues des deux analyses que tu auras faites. Il ne s'agit pas d'image.
Sous R avec la librairie ade4, la sortie de la fonction dudi.pca(), qui fait les acp, est un objet de la classe dudi.

je la trouve ou cette interface graphique
c'est un package à télécharger depuis le menu package dans R.

Nik

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