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Message par lilly74 le Lun 20 Déc 2010 - 11:29

Bonjour,
je travaille avec R sur des modèles GLM.
Afin de tester l'effet de chaque variable, je réalise des tests de rapport de vraisemblance sur les modèles emboîtés.
Tout va bien pour l'ensemble de mes variables, sauf pour une variable (qualitative, à 4 modalités) où le résultat est 0 ! Question
Pas 10^-7, mais bien 0 Shocked
Ma question est peut-être ridicule mais pensez-vous qu'il s'agisse d'une limite dans la précision du logiciel?
J'ai toujours vu des p-valeurs éventuellement très petites (par exemple, SAS indique quelque chose du genre "< 10^(-15) ")...mais jamais 0.

Pourriez-vous, svp, me dire si vous avez déjà vu de tels résultats et s'ils sont interprétables de la même façon qu'une p-valeur très petite?
Merci d'avance Smile

PS: pour information, le tracé indique qu'il faudrait ~80 ddl pour avoir une valeur non nulle Mad


Dernière édition par lilly74 le Mar 21 Déc 2010 - 15:20, édité 1 fois

lilly74

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test - test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU] Empty Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]

Message par Nik le Lun 20 Déc 2010 - 13:59

Salut,

il faut nous dire ce que tu utilises comme fonction car dans R, les sorties ne dépendent pas du logiciel lui même mais des packages et fonctions utilisés.
Mais de toute façon, si au delà d'une certaine limite (par exemple 10^-9) l'auteur a préféré afficher 0 dans les sorties du test il n'y a pas une grande perte. De toute façon 99% des utilisateurs ne considèrent qu'au mieux des p-values de 0.001 pour sortir la sacro-sainte significativité Smile.
Comme cela a été déjà dit ici et ailleurs, la valeur de la p-value n'a aucune relation avec le degré de significativité. On choisi un seuil qui est purement arbitraire et qui ne repose sur aucun fondement théorique.

nik

Nik

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Message par lilly74 le Lun 20 Déc 2010 - 16:54

Nik a écrit:Salut,

il faut nous dire ce que tu utilises comme fonction car dans R, les sorties ne dépendent pas du logiciel lui même mais des packages et fonctions utilisés.
Mais de toute façon, si au delà d'une certaine limite (par exemple 10^-9) l'auteur a préféré afficher 0 dans les sorties du test il n'y a pas une grande perte. De toute façon 99% des utilisateurs ne considèrent qu'au mieux des p-values de 0.001 pour sortir la sacro-sainte significativité Smile.
nik

Bonjour et merci Smile
Oui, je sais que le seuil est arbitraire...Ce qui me choque est de voir R écrire "O" et non pas, comme je l'ai dit, " < 10^-9", par exemple Question

J'utilise une fonction glm.
Pour obtenir les p-valeurs, je prends:
1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl)

Je pense de plus en plus que c'est simplement une approximation de quelque chose de très petit.
Peut-être y a-t-il moyen de demander à R d'être plus précis Question
Merci d'avance pour votre aide Smile

lilly74

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Message par Nik le Mar 21 Déc 2010 - 10:46

Salut,

Pour en avoir le coeur net tu peux faire :
Code:
str(1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl))$tol
ça te donnera en gros la valeur du 0 dans R.

Et peut être pourrais tu donner les valeurs que tu soumets dans le pchisq pour qu'on se rende compte. Par exemple si tu lui met une valeur de 10000 pour 1 ddl, c'est sûr que le 1-pchisq va être arrondi à 0 Smile.

Dans R tu peux au mieux lui demander d'afficher plus ou moins de décimales avec un appel à options(digits=...)
Dans certaines fonctions tu peux aussi spécifier la tolérance mais ce n'est pas toujours le cas. il me semblait que tu pouvais modifier globalement la tolérance mais je ne retrouve plus. Peut être qu'on ne peut plus maintenant. Mais de toute façon je crois que c'était réglé à la valeur la plus basse.

Pour conclure encore une fois cela n'a pas de réelle importance et donc pas besoin de demander à R d'être plus précis Smile



Nik

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Message par lilly74 le Mar 21 Déc 2010 - 11:10

Bonjour et encore merci à toi Smile
Nik a écrit:Salut,

Pour en avoir le coeur net tu peux faire :
Code:
str(1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl))$tol
ça te donnera en gros la valeur du 0 dans R.

C'est fait, il affiche:
Code:
 num  0

Nik a écrit:Et peut être pourrais tu donner les valeurs que tu soumets dans le pchisq pour qu'on se rende compte. Par exemple si tu lui met une valeur de 10000 pour 1 ddl, c'est sûr que le 1-pchisq va être arrondi à 0 Smile.

La différence des déviances est de 130.49 pour 2 ddl, différence assez grande donc... Rolling Eyes

Nik a écrit: Dans R tu peux au mieux lui demander d'afficher plus ou moins de décimales avec un appel à options(digits=...)
Dans certaines fonctions tu peux aussi spécifier la tolérance mais ce n'est pas toujours le cas. il me semblait que tu pouvais modifier globalement la tolérance mais je ne retrouve plus. Peut être qu'on ne peut plus maintenant. Mais de toute façon je crois que c'était réglé à la valeur la plus basse.
Oui, en fait, j'aurais peut-être dû poser ma question dans le forum "logiciel" Embarassed
C'est exactement ce que je cherche: comment lui demander x chiffres après la virgule dans une pchisq ?
Mais si c'est déjà au max..

Nik a écrit:Pour conclure encore une fois cela n'a pas de réelle importance et donc pas besoin de demander à R d'être plus précis Smile
Ok mais ce que je voulais savoir c'est s'il trouvait une valeur nulle (parce que j'aurais fait une erreur dans un calcul, par exemple Wink )
ou si cela venait bien des arrondis.
Mais je suppose qu'au delà d'un certain nombre, on ne peut plus trop lui en demander!!!

Encore merci pour ton aide et bonne journée Smile



lilly74

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Message par Nik le Mar 21 Déc 2010 - 12:42

C'est fait, il affiche:

Code:
 num  0

ça c'est pas normal. Le 0 vrai en informatique n'existe pas. C'est sans doute pour cela qu'il t'affiche un 0 et non pas une p-value très faible.

La différence des déviances est de 130.49 pour 2 ddl, différence assez grande donc...

Oui aucun doute sur la sgnificativité du test qq soit le seuil retenu

Oui, en fait, j'aurais peut-être dû poser ma question dans le forum "logiciel"
C'est exactement ce que je cherche:
l'affichage du nombre de décimale est global, fais :
Code:
options(digits=8)
pour afficher 8 chiffres par exemple.

nik

Nik

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Message par lilly74 le Mar 21 Déc 2010 - 13:40

Merci pour l'intérêt que tu portes à mon problème Smile

Je suis désolée mais j'ai peur de ne pas bien comprendre ta réponse...

ça c'est pas normal. Le 0 vrai en informatique n'existe pas. C'est sans doute pour cela qu'il t'affiche un 0 et non pas une p-value très faible.
C'est cela qui m'inquiétait. Cela veut donc dire qu'il y a une erreur quelque part?

J'ai fait:
Code:
options(digits=22)
et cela ne change rien Mad
Est-ce que cela veut dire que le chiffre compte plus de 21 zéros derrière la virgule, d'où l'affichage de 0 "tout simplement"?

Encore merci pour ton aide et ... ta patience Smile

lilly74

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Message par Nik le Mar 21 Déc 2010 - 14:47

Non autant pour moi il n'y a pas de paramètre tol associé à un objet issu de pchisq Smile
J'avais mal lu la sortie.


Si j'utilise tes valeurs j'obtiens bien 0 puisque le pchisq donne une valeur de 1.

Donc cherche pas plus loin, c'est la valeur de ton chi² observé qui détermine ce résultat.

Nik

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Message par lilly74 le Mar 21 Déc 2010 - 15:17

Non autant pour moi il n'y a pas de paramètre tol associé à un objet issu de pchisq Smile
J'avais mal lu la sortie.
J'aurais dû vérifier aussi Wink

Si j'utilise tes valeurs j'obtiens bien 0 puisque le pchisq donne une valeur de 1.
Donc cherche pas plus loin, c'est la valeur de ton chi² observé qui détermine ce résultat.
Ouf Razz
Merci beaucoup pour ton aide Very Happy

lilly74

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