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logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

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logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

Message par ganodelf le Lun 16 Aoû 2010 - 14:56

Bonjour à tous,

J'aurais une question à poser par rapport au tracé des courbes de survie avec le "test set", alors que j'ai construit le modèle de Cox avec le training set" :

Je m'explique: je travaille sur un jeu de données comportant 240 patients (les 240 sont séparés en un "training set" de 160 patients et un "test set" de 80 patients). J'ai construit mon modèle de Cox sur le "training set" sans problème avec le code : cox_larsdr <- coxph(survie~matrice)
matrice a 160 lignes et 6 colonnes

Je voudrais maintenant tracer les courbes de survie en utilisant le "test set" des 80 patients, pour cela j'utilise la fonction survfit du package survival avec le code : fit <- survfit(cox_larsdr, as.data.frame(matrice_bis))
matrice_bis a 80 lignes et 6 colonnes ( c'est comme matrice mais pour le "test set")

R me renvoie un message d'erreur " error in model.frame.default(formula=survie~matrice) variable lengths differ (found for 'matrice')", je comprends ce que cela veut dire mais je ne sais pas comment le résoudre.

Quelqu'un a-t-il déjà connu cela et sait comment m'aider a tracer les courbes de survie avec le "test set" en ayant construit le modèle avec le "training set" ????

ganodelf

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Re: logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

Message par jigouen le Mar 24 Aoû 2010 - 10:15

Peut être essaye d'enlever tes données manquante avec un na.exclude?

jigouen

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Re: logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

Message par Nik le Mar 24 Aoû 2010 - 14:49

Salut,
Si tu comprends le message d'erreur il ne te manque plus qu'à en comprendre réellement l'origine. Tu lui dit en gros de faire correspondre à 160 valeurs (celles contenus dans ton objet modèle de cox), seulement 80 nouvelles valeurs. Il faut donc estimer les valeurs prédites à partir des données des 80 individus en utilisant les valeurs des paramètres définies sur le jeu de données à 160 valeurs.
je n'ai jamais fait de modèle de survie mais peut être qu'il existe une méthode predict pour les objets issus de coxph. Dans ce cas tu dois faire un truc du style :
Code:
newval <- predict(cox_larsdr, newdata=data.frame(matrice_bis), type="response")

voir par exemple l'aide de predict.glm pour t'orienter.

Mais je le redis, il faut que la méthode predict existe pour les modèles de cox dans R.

voilà

nik

Nik

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meme probleme

Message par Sara.b le Dim 1 Mai 2011 - 1:36

Bonjour,

J'ai exactement le même problème parce que ma matrice du test set contient 80 individus j'obtiens la même erreur. C'est également urgent, pourrais-je savoir comment vous avez procédez?
Merci!!


ganodelf a écrit:Bonjour à tous,

J'aurais une question à poser par rapport au tracé des courbes de survie avec le "test set", alors que j'ai construit le modèle de Cox avec le training set" :

Je m'explique: je travaille sur un jeu de données comportant 240 patients (les 240 sont séparés en un "training set" de 160 patients et un "test set" de 80 patients). J'ai construit mon modèle de Cox sur le "training set" sans problème avec le code : cox_larsdr <- coxph(survie~matrice)
matrice a 160 lignes et 6 colonnes

Je voudrais maintenant tracer les courbes de survie en utilisant le "test set" des 80 patients, pour cela j'utilise la fonction survfit du package survival avec le code : fit <- survfit(cox_larsdr, as.data.frame(matrice_bis))
matrice_bis a 80 lignes et 6 colonnes ( c'est comme matrice mais pour le "test set")

R me renvoie un message d'erreur " error in model.frame.default(formula=survie~matrice) variable lengths differ (found for 'matrice')", je comprends ce que cela veut dire mais je ne sais pas comment le résoudre.

Quelqu'un a-t-il déjà connu cela et sait comment m'aider a tracer les courbes de survie avec le "test set" en ayant construit le modèle avec le "training set" ????





Sara.b

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Re: logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

Message par Nik le Mar 3 Mai 2011 - 7:22

Bonjour,

Il faut que le tableau matrice bis soit organisé de la même manière que le tableau qui a servi à construire le modèle, c'est à dire avec les mêmes nom de colonnes par exemple.

Nik

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Re: logiciel R : courbes de survies sur le "test set" URGENT

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