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Message par kent1 le Mar 10 Nov 2009 - 15:51

Bonjour,

J'étudie les papillons, je fais des relevés d'espèces par type d'habitat.
Je calcule un indice d'abondance pour chaque espèce par type d'habitat.

J'aimerais savoir s'il existe un outil statistique me permettant de différencier les espèces ayant une préférence pour un habitat en particulier (indice d'abondance significativement plus élevé dans un ou deux habitats) des espèces n'ayant pas de préférences particulières (abondance à peu près similaire dans chaque habitat ou du moins différences d'abondance non significative).

J'espère avoir réussi à être assez clair dans mon explication...

Merci de votre attention,
Cordialement

kent1

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STATISTIQUE - Recherche d'un outil statistique Empty Re: Recherche d'un outil statistique

Message par Nik le Mar 10 Nov 2009 - 17:04

il faut plus d'informations que ça :

combien d'espèce ?
combien d'habitat ?
combien d'échantillons/réplicat ?

etc...
tout ce que tu peux dire sur tes données

Nik

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Message par kent1 le Mar 10 Nov 2009 - 17:40

j'ai travaillé sur plusieurs sites, j'aimerais dans un premier temps analyser les données sur un seul site.

Nombre d'espèces : 35
Nombre d'habitat différent : 4
A chaque habitat correspond un code : 31.88, 34.33, 34.322, 34.323.
J'ai 4 transects de l'habitat du type 31.88,
34.322 : 3 transects
34.323 : 6 transects
34.33 : 2 transects

Les données on été récoltée en parcourant plusieurs fois les mêmes itinéraires linéaires (transect). L'effectif de chaque espèce a été enregistré à chaque passage. Il y a eu en tout 9 passages. L'indice d'abondance a été calculé de la manière suivante pour chaque transect : Ia=(effectif total de l'espèce*100)/(Longueur itinéraire*nbre de passage)
Ensuite une moyenne d'indice d'abondance a été calculée en regroupant les transects de même habitat.
Le but de l'étude est de trouver des espèces caractéristiques de chaque habitat.
(Il s'agit de la première année je me doute que le nombre de réplicat n'est peut-être pas assez élevé)

kent1

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STATISTIQUE - Recherche d'un outil statistique Empty Re: Recherche d'un outil statistique

Message par Nik le Mer 11 Nov 2009 - 5:23

Salut,

Les transects ne font pas tous la même longueur ? (Il faut toujours veiller à standardiser au maximum l'échantillonnage)

Ia=(effectif total de l'espèce*100)/(Longueur itinéraire*nbre de passage)...Pourquoi * 100 ?

Bon à première vue tu peux toujours envisager des test du chi² pour comparer les effectifs des espèces mais c'est loin d'être une solution optimale. Par contre avec ton indice d'abondance il faut que tu regardes comment se distribuent tes données (loi normale ou non...)

En tout cas ce qui répondrait le mieux à ta question serait une analyse de co-inertie ou une CCA, voire une analyse de niche puisque c'est typiquement ça qui t'intéresse. Si tu utilises R, tout ça se trouve dans la librairie ade4 ou adehabitat.

Nik

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STATISTIQUE - Recherche d'un outil statistique Empty Re: Recherche d'un outil statistique

Message par kent1 le Mer 11 Nov 2009 - 11:11

Bonjour,

Merci beaucoup pour ces précisions je vais tester et voir ce que ça donne.
Les transects ne font pas tous la même longueur parce que certains sites étant petit, la superficie de certains habitats était trop faible pour faire de long transects. C'est pourquoi je multiplie par 100 pour tout ramener en base 100 (de plus l'indice calculé est très faible).

Je ne conaissait pas l'analyse de niche, cela me semble bien intéressant.
Y a-t-il un moyen d'utiliser l'effort d'échantillonage dans l'analyse? (dans ce cas il faudrait prendre la longueur total parcourue pr chaque habitat?)

kent1

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STATISTIQUE - Recherche d'un outil statistique Empty Re: Recherche d'un outil statistique

Message par Nik le Jeu 12 Nov 2009 - 10:59

Les transects ne font pas tous la même longueur parce que certains sites étant petit, la superficie de certains habitats était trop faible pour faire de long transects.
Idéalement il aurait fallu utiliser le plus petit transect comme base de travail et éventuellement poursuivre les transects qand c'est possible mais en arrêtant au moins une mesure à une taille de transect applicable partout.

C'est pourquoi je multiplie par 100 pour tout ramener en base 100 (de plus l'indice calculé est très faible).
Tu supposes donc que sur 100m tu a une équirépartition de tes espèces...attention à ne pas déraper lors des interprétations avec ce genre de transformation car en fait tu fais de l'extrapolation. Cela peut paraître séduisant mais ça peut aussi générer des erreurs avec certaines transformations (e. g. log, si tu en venais à calculer des indices de diversité)

Y a-t-il un moyen d'utiliser l'effort d'échantillonage dans l'analyse?
Je ne sais plus car je ne l'ai pas pratiqué depuis longtemps. Mais en ce qui te concerne je vois mal comment tu vas intégrer l'effort d'échantillonnage à moins que sur un même transect vous vous soyez arrêté tous les mètres pour faire un point, là ça pourrait être intéressant. Mais sinon tu vas en arriver à dire des banalités du style, plus échantillonne, plus on trouve d'individus et d'espèces différentes.

Nik

Nik

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STATISTIQUE - Recherche d'un outil statistique Empty Re: Recherche d'un outil statistique

Message par kass le Dim 17 Jan 2010 - 18:48

Un outil d'analyse de données est proposé sur le site

http://123soft.franceserv.com/index.php


Il n'est pas mal pour l'analyse factorielle

kass

Nombre de messages : 20
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http://www.sthda.com

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